Independência e resistência à ocupação

       Após o golpe da UDT e a vitoriosa e inesperada reação da FRETILIN, a autoridade colonial deixou um vácuo político e em seu lugar, a FRETILIN passou definitivamente a administrar o país, firmando-se como única força política incondicionalmente defensora da independência de Timor-Leste. Apoiada pela população a proclamação da independência unilateral foi anunciada em em 28 de novembro de 1975. Porém, em 7 de dezembro, teve início a Operação Komodo: invasão do Timor, preparada há meses pela Indonésia. Com o objetivo de alcançar uma vitória rápida através da rendição de todo o povo maubere, o exército indonésio concentrou suas energias em práticas que visavam a generalização do medo e do  terror: massacres de civis, violações e repressão indiscriminada. 

       Estes atos de agressão por parte da Indonésia, motivaram debates na Assembléia Geral da ONU. Em 22 de dezembro, oito dias após a invasão do território, o Conselho de Segurança das Nações Unidas exigiu, por unanimidade que o governo indonésio retirasse seu exército de Timor. A resolução exigia o respeito à integridade do território, assim como, o direito inalienável de seu povo à autodeterminação. 

       Desafiando a resolução da ONU, o ministro dos Negócios Estrangeiros da Indonésia negou a existência de tropas no Timor-Leste, afirmando que as forças anti-FRETILIN eram apoiadas por voluntários. Ignorando as manifestações internacionais de repúdio, continuou a escalada de agressão.

       Esta conduta foi totalmente desabonadora para a Indonésia. Mesmo com a ruptura das relações diplomáticas entre Jacarta e Lisboa e tendo o Conselho de Segurança da ONU solicitado a retirada  das tropas para acelerar o processo de autodeterminação timorense, a Indonésia buscando legitimar simbolicamente o seu domínio, organizou o Conselho Representativo de Povo de Timor, que "aprovou" (?) petição favorável a sua integração à Indonésia (julho de 1976) rebatizando-o como Loro Sae e transformando-o na sua 27ª província. Este ato não foi reconhecido pelo Comitê de Descolonização da ONU para o qual Portugal continuava sendo a potência dominadora do Timor.

       Não conseguindo a submissão do povo maubere, a Indonésia prosseguiu com a repressão, desencadeando um massacre sem precedentes, o que levou ao aumento da resistência timorense. Tal situação durou até meados de 1978, quando o alto comando indonésio buscou o enfrentamento direto com as Forças Armadas de Libertação Nacional do Timor-Leste (Falintil), braço armado da FRETILIN. Os poderosos meios bélicos utilizados pelos invasores, confrontados com as forças mal armadas dos timorenses em uma guerra clássica de posições, levou rapidamente ao esgotamento o esquema de resistência maubere. A partir de 1978, a própria Fretilin aconselhou a população a render-se, pois uma a uma das bases de resistência foram abatidas pelos indonésios. O colapso psicológico e ideológico  de algumas lideranças timorenses fizeram  o sentido da luta se perder. Entre 1979 e 1981, a Indonésia encaminhou uma "operação limpeza" para aniquilar os guerrilheiros remanescentes, assim como, foram criados batalhões com timorenses colaboracionistas e "esquadrões da morte", com a finalidade exclusiva de eliminar qualquer traço da atividade da Fretilin.

       O esquema militar indonésio incluiu arregimentar civis à força para operações de contrainsurgência. Segundo denúncia da Anistia Internacional e de diversas organizações religiosas do Timor e da Indonésia, na Operação Segurança (Operasi Keamanan), desenvolvida de julho a setembro de 1981, 40 mil civis do sexo masculino foram utilizados como escudo humano em operações de busca e destruição dos combatentes mauberes. Para impedir o contato da população com a resistência, os invasores organizaram imensos deslocamentos forçados da população civil, embora os timorenses vivessem espalhados, os solos mais férteis se localizavam nas montanhas e os indonésios organizaram "aldeias de povoamento", uma forma amena de classificar campos de concentração. Em Ataúro, criaram campos de concentração para onde eram enviados os familiares dos milicianos resistentes.